個人所得稅專項附加扣除申報方式有兩種：通過扣繳義務人申報或綜合所得年度自行申報。
1、從個人所得稅APP系統提示，我們可以看到：由任職單位申報，是在每月預扣預繳申報個人所得稅時逐月扣減；由自己電報時，是按年度在綜合所得年度匯算清繳時一次性扣除。
2、個人所得稅預扣預繳：是按照累計預扣法計算預扣稅款，并按月辦理扣繳申報。
3、什么是累計預扣法？
累計預扣法：指扣繳義務人在一個納稅年度內預扣預繳稅款時，以納稅人在本單位截至當前月份工資、薪金所得累計收入減除累計免稅收入、累計減除費用、累計專項扣除、累計專項附加扣除和累計依法確定的其他扣除后的余額為累計預扣預繳應納稅所得額，適用綜合所得個人所得稅預扣率表，計算累計應預扣預繳稅額，再減除累計減免稅額和累計已預扣預繳稅額，其余額為本期應預扣預繳稅額。
余額為負值時，暫不退稅。納稅年度終了后余額仍為負值時，由納稅人通過辦理綜合所得年度匯算清繳，稅款多退少補。
