免征增值稅的收入，大部分情況下是不征收水利基金的。

貴地是否免征水利基金的征收管理辦法制定，歸各省市財政廳（局）:82/zuixintongzhi/2013-01-05/202.gov、地方稅務(wù)局.tzcs.gov.cn，要看當?shù)亍端ㄔO(shè)基金征收和減免管理辦法》
例：《浙江省地方水利建設(shè)基金征收和減免管理辦法》
拓展資料：
水利基金是用于水利建設(shè)的專項資金，由中央水利建設(shè)基金和地方水利建設(shè)基金組成。中央水利建設(shè)基金主要用于關(guān)系國民經(jīng)濟和社會發(fā)展全局的大江大河重點工程的維護和建設(shè)。地方水利建設(shè)基金主要用于城市防洪及中小河流、湖泊的治理、維護和建設(shè)?？缌饔?、跨省(自治區(qū)、直轄市)的重大水利建設(shè)工程和跨國河流、國界河流我方重點防護工程的治理費用由中央和地方共同負擔。
管理暫行辦法：
第一條 為加快水利建設(shè)步伐，提高大江大河防洪抗旱能力，改變重點水利工程設(shè)施和江河防洪體系建設(shè)滯后的狀況，緩解水資源供需矛盾，促進社會經(jīng)濟持續(xù)、快速、健康發(fā)展，根據(jù)國務(wù)院建立水利建設(shè)基金的決定，制定本辦法。
第三條 中央水利建設(shè)基金的來源：
(一)從中央有關(guān)部門收取的政府性基金(收費、附加)中提取3%。應(yīng)提取水利建設(shè)基金的中央政府性基金(收費、附加)項目包括：車輛購置附加費、港口建設(shè)費、鐵路建設(shè)基金、市話初裝費、郵電附加、中央分成的電力建設(shè)基金。
(二)經(jīng)國務(wù)院批準的其他可用于水利建設(shè)基金的資金。
第四條 地方水利建設(shè)基金的來源：
(一)從地方收取的政府性基金(收費、附加)中提取3%。應(yīng)提取水利建設(shè)基金的地方政府性基金(收費、附加)項目包括：養(yǎng)路費、公路建設(shè)基金、車輛通行費、公路運輸管理費、地方交通及公安部門的駕駛員培訓(xùn)費、地方分成的電力建設(shè)基金、市場管理費、個體工商業(yè)管理費、征地管理費、市政設(shè)施配套費。
(二)有重點防洪任務(wù)的城市要從征收的城市維護建設(shè)稅中劃出不少于15%的資金　，用于城市防洪建設(shè)。具體比例由省、自治區(qū)、直轄市人民政府確定?！∮兄攸c防洪任務(wù)的城市包括：北京、天津、沈陽、盤錦、長春、吉林、哈爾濱、齊齊哈爾、佳木斯、鄭州、開封、濟南、合肥、蕪湖、安慶、淮南、蚌埠、上海、南京、武漢、黃石、荊州、南昌、九江、長沙、岳陽、成都、廣州、南寧、梧州、柳州市，以及省、自治區(qū)、直轄市人民政府確定的有重點防洪任務(wù)的城市。
(三)經(jīng)省、自治區(qū)、直轄市人民政府批準征收的用于水利工程和防洪設(shè)施建設(shè)的各項基金(資金、附加、收費)，統(tǒng)一納入地方水利建設(shè)基金。
第五條 中央水利建設(shè)基金的劃轉(zhuǎn)辦法由財政部會同國家計委、水利部另行制定。地方水利建設(shè)基金的劃轉(zhuǎn)辦法，由省、自治區(qū)、直轄市人民政府參照中央水利建設(shè)基金劃轉(zhuǎn)辦法，根據(jù)各地實際情況制定。
第六條 水利建設(shè)基金首先要用于現(xiàn)有的水利工程建設(shè)，具體使用范圍：
(一)中央水利建設(shè)基金專項用于：大江大河重點治理工程維護和建設(shè)；大江大河防汛抗洪設(shè)施維護和水毀工程修復(fù)；大江大河的清淤除障及流域內(nèi)蓄滯洪區(qū)安全建設(shè)；全國性防汛抗旱通訊和信息系統(tǒng)維護和建設(shè)；其他經(jīng)國務(wù)院批準的全局性水利工程。
(二)地方水利建設(shè)基金專項用于：地方重點水利工程建設(shè)項目；地方中小河流、湖泊的治理；地方重點水土流失防治工程建設(shè)；重點防洪城市的防洪設(shè)施建設(shè)；地方水利工程維護；其他經(jīng)省級人民政府批準的水利工程項目。
第七條 水利建設(shè)基金屬于政府性基金，按照《國務(wù)院關(guān)于加強預(yù)算外資金管理的決定》(國發(fā)〔1996〕29號)的規(guī)定，納入財政預(yù)算管理，專項列收列支。每年年初分別由中央和省級水利部門根據(jù)水利建設(shè)規(guī)劃，向同級財政部門報送年度基金使用計劃，經(jīng)同級財政部門審核后撥付資金。其中，用于現(xiàn)有水利工程基本建設(shè)的水利建設(shè)基金，要分別納入中央和地方基本建設(shè)投資計劃。水利建設(shè)基金實行專款專用，年終結(jié)余可結(jié)轉(zhuǎn)下年安排使用。
第八條 財政部門要建立健全水利建設(shè)基金的收支核算和日常管理制度；計劃部門要對水利基本建設(shè)項目進行嚴格審查。年終，中央和地方水利部門應(yīng)按財政隸屬關(guān)系，分別編制水利建設(shè)基金收支決算報表；屬于基本建設(shè)的支出，還應(yīng)按規(guī)定編制基本建設(shè)財務(wù)決算，報同級財政部門審批。
第九條 任何部門和單位不得任意提高水利建設(shè)基金的征收標準，不得擴大使用范圍，不得截留、擠占或挪用。各級財政、計劃、審計部門要加強對水利建設(shè)基金的監(jiān)督檢查，違者要嚴肅處理。
第十條 本辦法自1997年1月1日起實行，到2010年12月31日止。
第十一條 各省、自治區(qū)、直轄市人民政府根據(jù)本辦法制定具體實施細則，報財政部、國家計委、水利部備案。
第十二條 本辦法由財政部會同國家計委、水利部解釋。
計算方法：
按經(jīng)營收入的千分之一繳納。