根據企業所得稅法及其實施條例的規定，企業為開發新技術、新產品、新工藝發生的研究開發費用，未形成無形資產計入當期損益的，在按照規定據實扣除的基礎上，按照研究開發費用的50%加計扣除。在實際執行過程中，由于部分企業財務人員和基層稅務人員對研發費用加計扣除的范圍、申報環節和具體要求等不夠了解，再加之企業會計核算與稅法規定存在一定的差異，造成一些企業在確定研發費用加計扣除范圍和申報納稅過程中出現了問題。編者就申請享受自主研究開發費用加計扣除稅收優惠時應注意的幾個問題進行整理和分析，供納稅人參考
第一，注意研發費用加計扣除范圍。
企業會計核算研發費用執行的主要依據是《財政部關于企業加強研發費用財務管理的若干意見》(財企﹝2007﹞194號)，該意見列舉企業研發費用的范圍比較寬泛。而稅法規定的允許稅前加計扣除的研發費用執行的主要依據是《企業研究開發費用稅前扣除管理辦法(試行)》(國稅發〔2008〕116號)和《財政部、國家稅務總局關于研究開發費用稅前加計扣除有關政策問題的通知》(財稅﹝2013﹞70號)。通過比較，研發費用加計扣除的范圍，在會計核算與稅法規定之間主要存在以下差異。
企業會計核算研發費用執行的主要依據是《財政部關于企業加強研發費用財務管理的若干意見》(財企﹝2007﹞194號)，該意見列舉企業研發費用的范圍比較寬泛。而稅法規定的允許稅前加計扣除的研發費用執行的主要依據是《企業研究開發費用稅前扣除管理辦法(試行)》(國稅發〔2008〕116號)和《財政部、國家稅務總局關于研究開發費用稅前加計扣除有關政策問題的通知》(財稅﹝2013﹞70號)。通過比較，研發費用加計扣除的范圍，在會計核算與稅法規定之間主要存在以下差異。
(1)外聘研發人員的勞務費用。在會計核算中，這部分費用允許計入研發費用。但是在稅務處理上，可計入加計扣除的研發費用僅限于在職直接從事研發活動人員的工資、薪金、獎金、津貼、補貼、社會保險費和住房公積金。外聘研發人員的勞務費用雖然是為研發項目而發生，但不可加計扣除。
(2)房屋的折舊和租賃費。在會計核算中，研發費用的范圍包括房屋的折舊費和租賃費。但是在稅務處理上，可計入加計扣除的研發費用指專門用于研發活動的儀器、設備的折舊費或租賃費，房屋的折舊和租賃費不在加計扣除范圍。
(3)與研發活動直接相關的管理費用。在會計核算中，與研發活動直接相關的管理費用，包括技術圖書資料費、資料翻譯費、會議費、差旅費、辦公費、外事費、研發人員培訓費、培養費、專家咨詢費、高新科技研發保險費用等。但是，在稅務處理上，除了“技術圖書資料費、資料翻譯費”可享受加計扣除外，其他的費用都不屬加計扣除的范圍。
(4)其他相關的研發費用。在稅務處理上，加計扣除的研發費用更多的是強調與研發項目相關的直接支出，注重專屬性。如專門用于研發活動的軟件、專利權、非專利技術等無形資產的攤銷費用，專門用于中間試驗和產品試制的模具、工藝裝備開發及制造費。若上述無形資產、模具、工藝裝備等開發制造費，在進行新產品、新技術、新工藝研發的同時，還用于其他產品的生產經營活動，則不能享受加計扣除。
(5)從有關部門和母公司取得的研究開發費專項撥款。企業取得國家財政撥款并納入不征稅收入的研究開發費用，以及從有關部門和母公司取得的研究開發費專項撥款，在計算研發費用加計扣除時應予以剔除。
第二，注意研發項目確認的立項要求。
在會計核算層面，研發費用指企業在產品、技術、材料、工藝、標準的研究、開發過程中發生的各項費用。對研發項目的立項基本無門檻，只要企業內部管理層認可就可立項。而稅法規定的稅前可加計扣除的項目，僅限于企業從事《國家重點支持的高新技術領域》和國家發展改革委員會等部門公布的《當前優先發展的高技術產業化重點領域指南》研究開發活動。
在會計核算層面，研發費用指企業在產品、技術、材料、工藝、標準的研究、開發過程中發生的各項費用。對研發項目的立項基本無門檻，只要企業內部管理層認可就可立項。而稅法規定的稅前可加計扣除的項目，僅限于企業從事《國家重點支持的高新技術領域》和國家發展改革委員會等部門公布的《當前優先發展的高技術產業化重點領域指南》研究開發活動。
第三，申請研發費用加計扣除必須把握3個環節。
根據規定，企業享受研究開發費用稅前加計扣除政策一般包括項目確認、項目登記和加計扣除3個環節。具體地說，項目確認環節指企業研究開發的項目需向政府(省轄市、縣及縣級市)以上科技部門或經信委申請項目確認，政府科技部門或經信委進行審核并出具《企業研究開發項目確認書》后，由政府科技部門或經信委等部門連同申請資料一同提交同級主管稅務機關;項目登記環節指稅務機關取得《企業研究開發項目確認書》后，對無異議或不予登記的項目，向企業出具《企業研發項目登記信息告知書》，告知項目登記號或不予登記的原因;加計扣除環節指已取得稅務機關登記并發放《企業研究開發項目登記信息告知書》的企業，享受研究開發費用加計扣除時，應在企業所得稅年度納稅申報前按規定進行備案。在企業所得稅年度納稅申報時，企業對已經登記的研發項目所發生的研發費用享受稅法規定加計扣除優惠政策。
根據規定，企業享受研究開發費用稅前加計扣除政策一般包括項目確認、項目登記和加計扣除3個環節。具體地說，項目確認環節指企業研究開發的項目需向政府(省轄市、縣及縣級市)以上科技部門或經信委申請項目確認，政府科技部門或經信委進行審核并出具《企業研究開發項目確認書》后，由政府科技部門或經信委等部門連同申請資料一同提交同級主管稅務機關;項目登記環節指稅務機關取得《企業研究開發項目確認書》后，對無異議或不予登記的項目，向企業出具《企業研發項目登記信息告知書》，告知項目登記號或不予登記的原因;加計扣除環節指已取得稅務機關登記并發放《企業研究開發項目登記信息告知書》的企業，享受研究開發費用加計扣除時，應在企業所得稅年度納稅申報前按規定進行備案。在企業所得稅年度納稅申報時，企業對已經登記的研發項目所發生的研發費用享受稅法規定加計扣除優惠政策。
第四，注意報送相關涉稅資料的要求。
根據規定，對企業申報研究開發費用加計扣除的資料包括：稅務機關發放的《企業研究開發項目登記信息告知書》，《研究開發項目可加計扣除研究開發費用情況歸集表》，《研究開發費用支出明細表(委托開發項目填報)》;如果是集中開發項目，需同時報送研究開發費決算表、費用分攤表和實際分享收益比例等資料;還有具有資質的中介機構出具的專項鑒證報告。
根據規定，對企業申報研究開發費用加計扣除的資料包括：稅務機關發放的《企業研究開發項目登記信息告知書》，《研究開發項目可加計扣除研究開發費用情況歸集表》，《研究開發費用支出明細表(委托開發項目填報)》;如果是集中開發項目，需同時報送研究開發費決算表、費用分攤表和實際分享收益比例等資料;還有具有資質的中介機構出具的專項鑒證報告。
第五，注意匯繳申報的納稅調整。
企業實際發生的研究開發費用，在年度中間預繳申報時，允許據實扣除，在報送稅務機關備案確認后進行年度匯繳申報時，才能對符合稅法要求的研發費進行加計扣除，調減當期應納稅所得額。因此，納稅人在預繳申報時不得自行加計扣除。若納稅調整后的所得小于零，其因享受加計扣除而形成的虧損額或擴大的虧損額，可以按稅法規定在其后的5年內進行彌補。
企業實際發生的研究開發費用，在年度中間預繳申報時，允許據實扣除，在報送稅務機關備案確認后進行年度匯繳申報時，才能對符合稅法要求的研發費進行加計扣除，調減當期應納稅所得額。因此，納稅人在預繳申報時不得自行加計扣除。若納稅調整后的所得小于零，其因享受加計扣除而形成的虧損額或擴大的虧損額，可以按稅法規定在其后的5年內進行彌補。
