為了避免發生丟失、被盜、空頭等情況，防止由于管理不善而給單位帶來經濟損失，各單位應建立健全支票結算的內部控制制度，加強對支票結算的管理和控制，具體包括：
（1）支票的管理由財務部門負責，指定的出納員專門負責，妥善保管，嚴防丟失、被盜。
（2）支票和預留銀行印鑒、支票密碼單應分別存放，專人保管。
（3）有關部門和人員領用支票一般必須填制專門的“支票領用單”，說明領用支票的用途、日期、金額，由經辦人員簽章，經有關領導批準。
（4）支票由指定的出納員專人簽發；出納員根據經領導批準的“支票領用單”按照規定要求簽發支票，并在支票簽發登記簿上加以登記。
（5）各單位不準攜帶蓋好印鑒的空白支票外出采購。
如果采購金額事先難以確定，實際情況又需用空白轉賬支票結算時，經單位領導同意后，出納員可簽發具有下列內容的空白支票：定時（填寫好支票日期）、定點（填寫好收款單位）、定用途（填寫好支票用途）、限金額（在支票的右上角再加注“限額××元”宇樣）。
各單位簽發空白支票要設置“空白支票簽發登記簿”，實行空白支票領用銷號制度，以嚴格控制空白支票的簽發。“空白支票簽發登記簿”一般應包括以下內容：領用日期、支票號碼、領用人、用途、收款單位、限額、批準人、銷號。領用人領用支票時要在登記簿“領用人”欄簽名或蓋章；領用人將支票的存根或未使用的：支票交回時，應在登記簿“銷號”欄銷號并注明銷號日期。“空白支票簽發登記簿的”基本格式如表4-2（略）。
（6）建立、健全支票報賬制度。單位內部領用支票的有關部門和人員應按規定及時報賬，遇有特殊情況與單位財務部門及時取得聯系，以便財務部門能掌握支票的使用情況，合理地安排使用資金。
（7）為避免簽發空頭支票，各單位財務部門要定期與開戶銀行核對往來賬，了解未達賬項情況，準確掌握和控制其銀行存款余額，從而為合理地安排生產經營等各項業務提供決策信息。
（8）為避免收受空頭支票和無效支票，各單位應建立收受支票的審查制度。為防止發生詐騙和冒領，收款單位一般應規定必須收到支票幾天（如三天、五天）后才能發貨，以便有足夠的時間將收受的支票提交銀行，辦妥收賬手續。遇例假日相應推后發貨時間，以防不法分子利用假日銀行休息無法辦妥收賬手續進行詐騙。
（9）一旦發生支票遺失，立即向銀行辦理掛失或者請求銀行和收款單位協助防范。
