非正常損失取消了自然災害一項，根據增值稅暫行條例實施細則第二十四條，條例第十條第二項所稱非正常損失，是指因管理不善造成被盜、丟失、霉爛變質的損失，而舊增值稅暫行條例實施細則第二十一條所稱的非正常損失卻包括三項，即：
一）自然災害損失；
（二）因管理不善造成貨物被盜竊、發生霉爛變質等損失；
（三）其他非正常損失。
比如某企業購進一批貨物簡單加工后由某運輸船隊承運異地，途中船隊失火導致貨物燒毀，那么該批貨物購進時已抵扣的進項稅額應當允許不作進項稅額轉出處理。
另外需要進項稅額轉出的非正常損失前提必須是管理不善，后果必須是造成被盜、丟失、霉爛變質，也就是說如果不是管理不善造成的被盜、丟失、霉爛變質也不應當作進項稅額轉出。比如藥品過期報廢損失，并不屬于管理不善，因此同樣不必作進項稅額轉出處理。
