基本醫療保險基金結余是指基本醫療保險基金全部收入減去全部支出后的余額，包括基本醫療保險統籌基金結余、醫療保險個人賬戶基金結余。
通過對基金結余的核算，能夠全面完整地反映基金的存量，為制定基本醫療保險基金預算，加強基金宏觀管理提供有用的會計信息。
①基金結余的結轉方法。基本醫療保險基金結余的核算主要是做好期末基金的結賬工作。即將基本醫療保險基金的收入類和支出類賬戶的余額分別結轉到“基本醫療保險統籌基金”“醫療保險個人賬戶基金”賬戶，將其中收入類余額賬戶轉入“基本醫療保險統籌基金”、“醫療保險個人賬戶基金”賬戶的貸方，將支出類余額賬戶轉入“基本醫療保險統籌基金”、；“醫療保險個人賬戶基金”賬戶的借方，結平各收支類賬戶。結轉后，“基本醫療保險統籌基金”、“醫療保險個人賬戶基金”賬戶如為貸方余額即為基本醫療保險基金結余，如為借方余額即為基本醫療保險基金超支。
②基金結余的賬務處理。這包括兩個方面的賬務處理。
結轉基本醫療保險統籌基金結余的賬務處理。基本醫療保險統籌基金結余是基本醫療保險統籌基金收支相抵后的滾存結余。為了反映基本醫療保險統籌基金的結余，會計核算上應設置“基本醫療保險統籌基金”科目。期末結轉基本醫療保險統籌基金收入時，借記“基本醫療保險統籌基金收入”科目，貸記“基本醫療保險統籌基金”科目；期末結轉基本醫療保險統籌基金支出時，借記“基本醫療保險統籌基金”科目，貸記“基本醫療保險統籌基金支出”科目。
結轉醫療保險個人賬戶基金結余的賬務處理。醫療保險個人賬戶基金結余是指醫療保險個人賬戶基金全部收入與全部支出相抵后的滾存結余。為了反映醫療保險個人賬戶基金的結余情況，應設置“醫療保險個人賬戶基金”科目。期末結轉醫療保險個人賬戶基金收入時，借記“醫療保險個人賬戶基金收入”科目，貸記“醫療保險個人賬戶基金”科目；期末結轉醫療保險個人賬戶基金支出時，借記“醫療保險個人賬戶基金”科目，貸記“醫療保險個人賬戶基金支出”科目。
