(一)交易費用
交易費用，是指企業年金基金在投資運營中發生的手續費、傭金以及相關稅費，包括支付給代理機構、咨詢機構、券商的手續費和傭金以及相關稅費等其他必要支出。企業年金基金應設置“交易費用”科目，按照實際發生的金額，借記“交易費用”科目，貸記“證券清算款”、“銀行存款”等科目。
(二)受托人管理費、托管人管理費和投資管理人管理費
受托人管理費、托管人管理費和投資管理人管理費，是指根據企業年金計劃或合同文件規定的比例，提取的相應管理費。根據《企業年金基金管理試行辦法》的規定，受托人、托管人提取的管理費均不得高于企業年金基金凈值的0.2%，投資管理人提取的管理費不得高于企業年金基金凈值的1.2%.企業年金基金應當設置“受托人管理費”、“托管人管理費”、“投資管理人管理費”、“應付受托人管理費”、“應付托管人管理費”、“應付投資管理人管理費”等科目，對發生的上述管理費，分別進行賬務處理。
企業年金基金計提相關費用時，應當按照應付的實際金額，借記“受托人管理費”、“托管人管理費”、“投資管理人管理費”科目，同時確認為負債，貸記 “應付受托人管理費”、“應付托管人管理費”、“應付投資管理人管理費”科目。支付相關管理費用時，借記“受托人管理費”、“托管人管理費”、“投資管理人管理費”科目，貸記“銀行存款”等科目。期末，將“受托人管理費”、“托管人管理費”、“投資管理人管理費”科目的借方余額全部轉入“本期收益”科目。
(例11-10)20×7年4月1日，某企業年金基金市值為10000000元。投資管理合同中約定：投資管理費年費率為基金凈值(市值)的1.2%；一年按365天計算，按日估值。
當日應計提的投資管理費=基金凈值×年費率÷當年天數
=10000000×1.2%÷365=328.77(元)
該企業年金基金賬務處理如下：
借：投資管理人管理費——××投資管理人 328.77
貸：應付投資管理人管理費 328.77
(例11-11)20×7年4月1日，某企業年金基金市值為10000000元。受托管理合同和托管合同中均約定：受托人管理費和托管人管理費年費率均為基金凈值(市值)的0.2%；假設一年按365天計算，按日估值。
當日應計提的受托人管理費=基金凈值×年費率÷當年天數
=10000000×0.2%÷365=54.79(元)
當日應計提的托管人管理費=基金凈值×年費率÷當年天數
=10000000×0.2%÷365=54.79(元)
該企業年金基金賬務處理如下：
借：受托人管理費——××受托人 54.79
貸：應付受托人管理費 54.79
借：托管人管理費——××托管人 54.79
貸：應付托管人管理費 54.79
(三)賣出回購證券支出
賣出回購證券業務，是指企業年金基金與其他企業以合同或協議的方式，按照一定價格賣出證券，到期日再按合同約定的價格買回該批證券，以獲得一定時期內資金的使用權的證券業務。根據企業年金基金準則及其應用指南的規定，企業年金基金應在融資期限內，按照賣出回購證券價款和協議約定的利率每日或每周確認、計算賣出回購證券支出。
企業年金基金應設置“賣出回購證券支出”、“賣出回購證券款”等科目，對賣出回購證券業務進行賬務處理。賣出證券收到款時，按實際收到價款，借記“結算備付金”科目，同時確認一筆負債，貸記“賣出回購證券款——××證券”科目。證券持有期內計提利息時，按計提的金額，借記“賣出回購證券支出”科目，貸記“應付利息”科目。到期回購時，按賣出證券時實際收款金額，借記“賣出回購證券款——××證券”科目，按應計提未到期的賣出回購證券利息，借記“應付利息”科目，按借貸方差額，借記“賣出回購證券支出”科目，按實際支付的款項，貸記“結算備付金”科目。期末將“賣出證券支出”科目余額轉入“本年收益”科目。
(四)其他費用
其他費用，是指除上述(一)、(二)、(三)費用以外的其他各項費用，包括注冊登記費、上市年費、信息披露費、審計費用、律師費用等。根據現行法律制度的規定，基金管理各方當事人因未履行義務導致的費用支出或資產的損失以及處理與基金運作無關的事項發生的費用不得列入企業年金基金費用。
企業年金基金應當設置“其他費用”等科目，按費用種類設置明細賬，對發生的其他費用進行賬務處理。發生其他費用時，應按實際發生的金額，借記“其他費用”科目，貸記“銀行存款”等科目。如發生的其他費用金額較大，比如大于基金凈值十萬分之一，也可以采用待攤或預提的方法，待攤或預提計入基金損益，但一經采用，不得隨意變更，且年末一般無余額。(1)采用待攤方法的，發生時，借記“待攤費用”科目，貸記“銀行存款”科目；攤銷時，借記“其他費用”科目，貸記“待攤費用”科目。
(2)采用預提方法的，預提時，借記“其他費用”科目，貸記“預提費用”科目；支付費用時，借記“預提費用”科目，貸記“銀行存款”科目。 期末，應將“其他費用”科目的借方余額全部轉入“本期收益”科目。
(例11-12)20×7年1月1日，某企業年金基金市值為3.5億元，該日發生信息披露費3000.假設按日估值。
該企業年金基金賬務處理如下：
借：其他費用 3000
貸：銀行存款 3000。
