一、會計科目的設置
除設置電子聯行往帳、電子來帳科目外，為滿足電子聯行往來資金清算的需要，還設置了電子清算會計科目
1.“電子聯行往賬”科目。發報行辦理代付款業務，借記本科目；辦理代收款業務，貸記本科目。余額雙方反映，不得軋差。與轉發行核對后，正常情況下，當日結平無余額。
2.“電子聯行來賬”科目。收報行辦理代收款業務，借記本科目；辦理代付款業務，貸記本科目。余額雙方反映，不得軋差。與轉發行核對后，正常情況下，當日結平無余額。
3.“電子清算資金往來”科目。本科目核算各清算分中心與總中心之間電子聯行資金存欠的清算。每日電子聯行往賬、來賬科日余額分別對清后全額轉入本科目，余額軋差反映。本科目不分年度，年終不通過分錄結轉下年新賬。
二、電子聯行往來的賬務處理
(一)匯出行的賬務處理
匯出行收到開戶單位提交的應轉匯結算憑證，經審查無誤后，填制電子聯行轉匯清單，并匯總編制兩聯劃款憑證，據以辦理轉賬。
如為代收業務，會計分錄為；
借：XX科目———XX戶
貸；存放中央銀行款項
如為代付業務，作相反會計分錄。
轉賬后，將*9聯劃款憑證連同兩聯轉匯清單一并送交開戶的發報行。
(二)發報行的處理
發報行收到匯出行送交的有關憑證后，經審核無誤，確認匯出行存款戶有足夠資金支付，即可辦理轉賬。
如為代收業務，會計分錄為：
借；XX銀行存款——匯出行戶
貸：電子聯行往漲
如為代付業務，作相反會計分錄。
轉賬后，第三聯轉匯清單退匯出行。*9聯交計算機錄入員逐筆輸入電子計算機系統，并打印出電子聯行往賬清單，經復核無誤后通過通訊網絡發往轉發行。候收到轉發行發回的收電回執后，由電子計算機累計已發妥的往賬借、貸記業務筆數和金額。每日營業終了，發推行與轉發行核對當日往賬無誤后，即可填制轉賬憑證辦理轉賬。
如為代收業務，會計分錄為：
借：電子聯行往賬
貸：電子清算資金往來
如為代付業務，作相反會計分錄。
（三）轉發行的處理
轉發行收到發報行的往賬信息，經確認無誤后，向發報行發送收電回執，同時，逐筆分批轉發收報行，并驗證收報行的收電回執。每日終了，轉發行與發、收報行對賬無誤后，打印“電子聯行往來平衡表”，并匯總各聯行的借、貸資金，匯總后的各行借、貸資金總額應相等。每月轉發行同各發、收報行用電傳或郵寄對賬表方式核對“電子清算資金往來”科目余額，發現不符，立即查明更正。
（四）收報行的處理
收投行收到轉發行發來的來賬信息，經審核無誤后，向轉發行發送收電回執，并按匯入行打印電子聯行來賬清單，經逐筆核押無誤后，按總數填制兩聯劃款憑證辦理轉賬。
如為代收業務，會計分錄為：
借：電子聯行來賬
貸：XX科目——XX戶
如為代付業務，則作相反的會計分錄。
轉賬后，第三聯來賬清單蓋章后，連同一聯劃款憑證交匯入行。每日營業終了，收報行與轉發行核對當日來賬無誤后，即可填制轉賬記賬憑證辦理轉賬。
如為代收業務，會計分錄為：
借：電子清算資金往來
貸：電子聯行來賬
如為代付業務，則作相反的會計分錄。
（五）匯入行的處理
匯入行收到收報行電子聯行來賬清單和劃款憑證，經審核無誤后，即可辦理轉賬。
如為代收業務，會計分錄為：
借：存放中心銀行款項
貸：XX科目——XX戶
如為代付業務，則作相反的會計分錄。
