在稅務籌劃中，似乎人們更注重顯性成本而忽略隱性成本。殊不知，在決策時，隱性成本與顯性成本一樣重要。因此，稅務籌劃時不能只考慮顯性成本，而忽略了其他沒有貨幣支出的要素投入——隱性成本。 所謂隱性成本指的是納稅人由于采用擬訂的稅務籌劃方案而放棄的潛在利益，主要體現為機會成本和非稅成本。 由于非稅成本一般難以量化，所以在稅務籌劃中容易被忽略，造成稅務籌劃策略的有效性大大降低。一般情況下，稅收籌劃的隱性成本主要有以下幾種。
1、機會成本。
納稅人采用擬定的稅務籌劃方案而放棄的利益，就是機會成本。 稅務籌劃過程是一個決策過程，即在眾多方案中選擇某個可行且稅負較低的方案，但選定一個方案必然要舍棄其他方案。同時，稅務籌劃對企業經營方式、銷售方式、財務管理方式的要求會限制企業在此類方式上的選擇，這可能會對企業生產、銷售、現金流等產生影響。
在選擇具有稅務優勢方案的同時，可能會犧牲另一方案的非稅優勢。對于具有稅務優勢的籌劃方案來說，因此而犧牲的非稅優勢就是此項籌劃的非稅成本，即機會成本。
2、代理成本。
在稅務籌劃中，為了降低稅負所選定的方案，在執行過程中同樣不可避免地會產生代理成本。 不論稅務籌劃的方案多么周密、多么精妙，都不能擺脫道德風險和逆向選擇的負面影響。
代理成本的存在使很多籌劃方案的非稅成本被放大，資產重組的稅務籌劃就是典型的例子。在企業重組中，企業如果采用分立策略，一個企業被分為幾個企業，則管理機構增加、管理人員增加、企業間的組織協調費用增加，更重要的是管理人員道德風險的存在，增加了企業的監督成本和潛在的損失，全部或部分抵免了稅務籌劃帶來的收益，更有甚者會使產生成本大于收益。同樣，在合并過程中，兼并方并不十分了解被兼并方的資產質量狀況，可能造成其支付的價格超過被兼并資產的價值。
3、交易成本。
交易成本是非稅成本中的重要因素，包括信息搜集成本、談判成本、締約成本、監督成本、強制履約的成本及可能發生的違約成本等。在稅務籌劃中，涉及產權交易的方案比比皆是。例如通過收購外國公司進行稅務籌劃時，為了避免逆向選擇帶來的損失，也需搜集被收購公司的相關信息。這同樣會產生談判費用、協議簽訂費用、履約費用等。另外，利用資產交易進行的所得稅籌劃、利用工程承包進行的營業稅籌劃、利用委托加工進行的消費稅籌劃等都涉及市場環境下的產權交易和契約的簽署。因此，交易成本在稅務籌劃中難以避免。
4、財務報告成本。
雖然在現階段我國股市作為經濟晴雨表的效果并不理想，但在股票投資者漸趨理性的今天，財務報告的結果對股票價格的影響越來越大。低利潤不但會導致股票價格的下降，還會影響企業在股票市場上的再融資能力。企業通過跨期轉移收入、后進先出法等會計政策選擇達到減少稅前利潤、降低稅負的目的，但同時也造成企業經營的效率降低、與客戶的關系惡化和額外的存貨持有成本等可計量以及不可計量的損失。
由此可見，稅務籌劃帶來的財務報告成本可能對企業產生深遠的負面影響。
5、沉沒成本和違規成本。
企業稅務籌劃方案在執行過程中因為無法預料的原因導致失敗的事件并不罕見。伴隨著籌劃的失敗，最初的資金投入也就變為沉沒成本，成為無法彌補的損失。另外，隨著稅務籌劃方式的增多，稅收規則也在不斷完善，這是一個博弈的過程。
稅務籌劃的實施帶來很多顯性成本和隱性成本，而成本和稅務籌劃收益的對比直接導致了籌劃的成功與否。企業在籌劃時，需認真進行成本效益分析，判斷經濟上是否可行、必要，能否給企業帶來純經濟效益的增加。
