企業辦理銀行結算業務，按規定需要向銀行支付一定的費用，這些費用包括憑證工本費、手續費、郵電費。此外，如果單位違反銀行結算紀律和規定的行為，銀行還要按規定收取一定的罰款。
（1）憑證工本費的核算。銀行收取憑證工本費分為當時計收和定期匯總計收兩種方式。
各單位向銀行領購各種結算憑證時，按規定應填制一式三聯的結算憑證領用單，并加蓋其預留銀行印鑒，送開戶銀行。開戶銀行審查無誤后，實行當時計收的，向領用人收取結算憑證工本費，并在*9聯結算憑證領用單中加蓋“轉訖”章或“現金收訖”章后退回給領用人。各單位財務部門根據銀行蓋章退回的結算憑證領用單*9聯和銀行收費憑證編制現金或銀行存款付款憑證。
例：某單位12月20日向銀行領購結算憑證10本，用現金支付憑證工本費50元，財務部門根據銀行蓋章退回的結算憑證領用單和銀行收費憑證編制現金付款憑證，作如下會計分錄：
借：財務費用50
貸：現金50
如果采用定期匯總收費的，則領購時不直接支付，其匯總收費時一次性轉賬結算。
銀行匯總收費時向各單位發出特種轉賬借方憑證作為支款通知。各單位財務部門根據銀行特種轉賬借方憑證編制銀行存款付款憑證。會計分錄為：
借：財務費用
貸：銀行存款
（2）銀行手續費和郵電費。銀行辦理結算業務，按規定的范圍和規定的標準向客戶收取一定的手續費。另外，銀行辦理結算業務還需向客戶收取郵電費。郵電費和手續費合在一起交納。
銀行收取手續費和郵電費也采取當時計收和定期匯總計收兩種方法。當時計件的，各單位在辦理結算時直接用現金交納或者直接辦理轉賬，財務部門根據銀行蓋章退回的有關憑證（如匯票委托書*9聯等）和銀行收費憑證編制現金或銀行存款付款憑證。
其會計核算方法和工本費相同。采用匯總計收的，應根據銀行特種借方憑證編制銀行存款付款憑證，其會計核算方法和工本費相同。
（3）結算罰款。各單位在辦理結算過程中，由于違反結算紀律和銀行結算的有關規定如簽發空頭支票等而被銀行處以罰款時，各單位應根據銀行的罰款憑證編制銀行存款付款憑證，其會計分錄為：
借：營業外支出
貸：銀行存款。
