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????），是中國新疆維吾爾自治區巴音郭楞蒙古自治州北部所轄的一個自治縣。
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焉耆回族自治縣境古為焉耆國，神爵二年（前60年），西漢政府在烏壘（今輪臺縣策達雅鄉南）設立西域都護府，任命鄭吉為首位都護。東漢永元三年（91年），設置西域長史府。94年（東漢永元六年），班超發龜茲、鄯善等8國兵，征伐焉耆、危須、尉犁，斬焉耆王廣、尉犁王于陳睦故城。127年（東漢永建二年），西域長史班勇與敦煌太守張朗分南北道攻打焉耆國，張郎由爵離城（即埒婁城）先至爵離關（今鐵門關），攻降焉耆王元孟。
335年（前涼建興二十三年），前涼張駿遣兵伐龜茲途中，在賁侖城和遮留谷擊退焉耆國王龍熙。地屬前涼。382年（前秦建元十八年），前秦呂光攻降焉耆，地屬前秦。448年（北魏太平真君九年），萬度歸伐焉耆，置焉耆鎮。庫爾勒為柳驢城，地屬北魏。555年，突厥占據高昌之后，即向焉耆發展。603年，突厥西面可汗達頭的兒子泥利自立為西突厥全境的大可汗，史稱西突厥。
唐貞觀二十二年（648年），設置焉耆都護府，為安西四鎮之一。856年，回鶻首領龐特勤西遷焉耆，稱葉都護，有眾20萬，史稱西州回鶻。866年，西州回鶻首領仆固俊打敗吐蕃首領尚鞏熱，吐蕃勢力退出西域。1122年，西州回鶻降服于西遼。1218年，蒙古滅西遼。1215年，蒙哥登大汗位，于今吉木薩爾設別失八里行省，元朝為察合臺汗國封地。后為衛拉特蒙古游牧區。
清康熙、乾隆年間，朝廷派兵屯駐巴里坤、哈密、吐魯番，多次出兵討伐準噶爾。當時除隨軍來的有部分陜甘回族兵丁外，還有隨軍差役及趕車吆驢運輸器械、糧秣的陜甘回民，以及隨軍作生意的回民小商販。乾隆二十三年（1758），清廷平定準噶爾叛亂后，清政府在 “屯兵戌邊”的同時，實行"移民實邊"方略，自嘉慶至咸豐的60余年中，從陜、甘一帶遷至北疆不少民戶，這些人中有些以后流落到焉耆。由于開都河水源充足，河兩岸土地肥沃，牧草遍地，牛羊成群，是個適于生存的好地方，人們便定居了下來。17世紀初遷到伏爾加河下游的土爾扈特部在1771年回遷歸順清朝，乾隆帝安置土爾扈特部于巴音郭楞，這就是現巴音郭楞蒙古自治州蒙古族的起源。
道光二十三年（1843），經喀喇沙爾辦事大臣全慶奏請清廷撤回屯兵丁口302人，改招西寧、臨夏、固原、平涼一帶來此的回民商販眷屬近百戶耕種屯兵田。以后不斷有退伍的兵丁留下來，在這里務農、放牧、經商、營工謀求生存發展。世代相傳繁衍不絕，逐漸變成當地的土著，自稱口外人。
光緒三年（1877），清軍把烏魯木齊、哈密、吐魯番各城流散的回民安置在焉耆。左宗棠請示清廷設立撫揖善后局，資助這些人在此地定居生活，主持撫揖善后工作的費道周，還從關內招募回民數百戶，資助耕牛、農具、種子及生活物資，讓其定居。僅此兩項共安置回民男2200余丁、女1600余口。這是遷入焉耆的最大的一批陜西回民，這些人初到焉耆經營農牧業和商業。光緒八年（公元1884年）新疆建省，設喀喇沙爾直隸廳，光緒二十五年升為焉耆府。
1950年4月12日成立焉耆專署。
1954年6月23日，撤銷焉耆專署，分設巴音郭楞蒙古自治州（轄焉耆、和靜、和碩三縣）和庫爾勒專署（轄庫爾勒、輪臺、尉犁、若羌、且末五縣）。
1960年12月，庫爾勒專署并入巴音郭楞蒙古自治州，州府由焉耆遷址庫爾勒。
焉耆回族自治縣位于新疆維吾爾自治區中部，焉耆盆地的腹心。東南部與博湖縣毗鄰，北部與和靜縣接壤，南部與庫爾勒市塔什店鎮相連，西南部與庫爾勒市，輪臺縣為界，總面積2570.88平方公里。開都河系新疆的八大河流之一，也是焉耆境內的主要河流。開都河流經焉耆縣地段為62公里，是焉耆的主要水源。
焉耆回族自治縣地處北半球中緯度溫帶地區，是較為典型的大陸性氣候，但又具有盆地氣候特征，夏季聚熱、冬季冷。因受博斯湖水域的調節，冷熱變化不十分劇烈。極端高溫38度，極端低溫-35度，最多風向為西北風。焉耆全年可照時數4440.1小時，年平均降水量為64.7毫米，年平均蒸發量為年平均降水量的18.5倍。
焉耆回族自治縣下轄4個鎮、4個鄉：
焉耆鎮、?七個星鎮、?永寧鎮、?四十里城子鎮、?北大渠鄉、?五號渠鄉、?查汗采開鄉、?包爾海鄉、?王家莊牧場和蘇海良種場。
另有兵團企業、農牧團場、南疆鐵路和塔里木河南石油勘探公司等駐焉單位17個。
2020年末，根據全國第七次人口普查結果顯示：全縣常住人口為122961人。
縣域總人口16.87萬人，居住著回、漢、維、蒙等29個民族，其中漢族占43.27%，回族20.75%，其他少數民族45.98%，是新疆6個少數民族自治縣之一。
在焉耆回族自治縣代理記賬選擇來一方財稅。688元/年
