吉木薩爾縣（維吾爾語：??????? ????????，西里爾字母：Жимасар шянь）是中國新疆維吾爾自治區昌吉回族自治州所轄的一個縣。
漢代建隨著西域都護府，在天山南北開始屯田。東漢永平十七年（74），漢政府派戊尉耿恭統領數百人屯田于今吉木薩爾縣北庭故城遺址。 唐貞觀十四年（640），唐政府在今吉木薩爾縣境內設立庭州，轄東至蒲類海（巴里坤湖），西至石漆河（精河），北臨沙漠，南依天山的廣大區域。建州初，設金滿、蒲類、輪臺三縣，州治金滿城，后增西海縣，庭州轄四縣。金滿縣在今吉木薩爾縣境內，下轄兩個鄉，縣與州同治金滿城。長安二年（702），武則天升庭州為北庭都護府，府治北庭城（金滿城），為天山北麓的政治、軍事中心和交通樞紐。而金滿縣的建置隨著都護府建置規格的升高而撤銷。景云二年（711），北庭都護府升格為北庭大都護府，下設2個都護府，23個都督府，轄伊州、西州、庭州三州，成為唐朝在西域的最高軍事指揮機關，管理天山以北東起蒲類海，西至咸海廣大地區的軍事政務，受其節制的軍隊有十萬余眾。
唐代詩人岑參曾賦詩《白雪歌送武判官歸京》中“輪臺東門送君去，去時雪滿天山路”的“輪臺”即今新疆維吾爾自治區昌吉回族自治州吉木薩爾縣城北11公里處的“北庭故城遺址”，系國務院第三批公布的全國重點文物保護單位。
2020年末，根據第七次人口普查數據顯示：全縣常住人口為153197人。
吉木薩爾縣地勢南高北低。南部為高山雪嶺，北部為卡拉麥里山嶺的低山殘丘，兩山之間是山前傾斜平原和低緩起伏的沙丘，最高點是二工河源頭的雪峰，海拔500米。南部山區為以云杉為主的針葉林，四季常青。中部平原是重要的農業區，北部屬古爾班通古牧沙漠。境內有主要河流10條，由西向東為二工河、西大龍口河、大東溝河、新地溝河、渭戶溝河、東大龍口河、牛圈子溝河、吾塘溝河、小東溝、白楊河。
屬中溫帶大陸干旱氣候，冬季寒冷、夏季炎熱，降雨量少，晝夜溫差大，平均年日照時數為2861.1小時，年平均氣溫7.0℃。平原無霜期170天，山區無霜期145天左右。
吉木薩爾縣下轄6個鎮、3個鄉：
吉木薩爾鎮、?三臺鎮、?泉子街鎮、?北庭鎮、?二工鎮、?大有鎮、?慶陽湖鄉、?老臺鄉、?新地鄉和五彩灣工業園區。
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