《土地增值稅清算管理規程》（以下簡稱規程）自2009年6月1日起施行。
規程所稱土地增值稅清算，是指納稅人在符合土地增值稅清算條件后，依照稅收法律、法規及土地增值稅有關政策規定，計算房地產開發項目應繳納的土地增值稅稅額，并填寫《土地增值稅清算申報表》，向主管稅務機關提供有關資料，辦理土地增值稅清算手續，結清該房地產項目應繳納土地增值稅稅款的行為。納稅人應當如實申報應繳納的土地增值稅稅額，保證清算申報的真實性、準確性和完整性。稅務機關應當為納稅人提供優質納稅服務，加強土地增值稅政策宣傳輔導。主管稅務機關應及時對納稅人清算申報的收入、扣除項目金額、增值額、增值率以及稅款計算等情況進行審核，依法征收土地增值稅。
規程規定，納稅人符合下列條件之一的，應進行土地增值稅的清算：一是房地產開發項目全部竣工、完成銷售的，二是整體轉讓未竣工決算房地產開發項目的，三是直接轉讓土地使用權的。
對符合以下條件之一的，主管稅務機關可要求納稅人進行土地增值稅清算：已竣工驗收的房地產開發項目，已轉讓的房地產建筑面積占整個項目可售建筑面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%，但剩余的可售建筑面積已經出租或自用的；取得銷售（預售）許可證滿3年仍未銷售完畢的；納稅人申請注銷稅務登記但未辦理土地增值稅清算手續的。
對于符合本規程第九條規定，應進行土地增值稅清算的項目，納稅人應當在滿足條件之日起90日內到主管稅務機關辦理清算手續。對于符合本規程第十條規定稅務機關可要求納稅人進行土地增值稅清算的項目，由主管稅務機關確定是否進行清算；對于確定需要進行清算的項目，由主管稅務機關下達清算通知，納稅人應當在收到清算通知之日起90日內辦理清算手續。
主管稅務機關收到納稅人清算資料后，對符合清算條件的項目，且報送的清算資料完備的，予以受理；對納稅人符合清算條件，但報送的清算資料不全的，應要求納稅人在規定限期內補報，納稅人在規定的期限內補齊清算資料后，予以受理；對不符合清算條件的項目，不予受理。上述具體期限由各省、自治區、直轄市、計劃單列市稅務機關確定。主管稅務機關已受理的清算申請，納稅人無正當理由不得撤消。
主管稅務機關按照本規程第六條進行項目管理時，對符合稅務機關可要求納稅人進行清算情形的，應當做出評估，并經分管領導批準，確定何時要求納稅人進行清算的時間。對確定暫不通知清算的，應繼續做好項目管理，每年做出評估，及時確定清算時間并通知納稅人辦理清算。主管稅務機關受理納稅人清算資料后，應在一定期限內及時組織清算審核。具體期限由各省、自治區、直轄市、計劃單列市稅務機關確定。
清算審核包括案頭審核、實地審核。案頭審核是指對納稅人報送的清算資料進行數據、邏輯審核，重點審核項目歸集的一致性、數據計算準確性等。實地審核是指在案頭審核的基礎上，通過對房地產開發項目實地查驗等方式，對納稅人申報情況的客觀性、真實性、合理性進行審核。在清算審核時，應審核房地產開發項目是否以國家有關部門審批、備案的項目為單位進行清算；對于分期開發的項目，是否以分期項目為單位清算；對不同類型房地產是否分別計算增值額、增值率，繳納土地增值稅。在審核收入情況時，應結合銷售發票、銷售合同（含房管部門網上備案登記資料）、商品房銷售（預售）許可證、房產銷售分戶明細表及其他有關資料，重點審核銷售明細表、房地產銷售面積與項目可售面積的數據關聯性，以核實計稅收入；對銷售合同所載商品房面積與有關部門實際測量面積不一致，而發生補、退房款的收入調整情況進行審核；對銷售價格進行評估，審核有無價格明顯偏低情況。
關于非直接銷售和自用房地產的收入確定，規程規定：一是房地產開發企業將開發產品用于職工福利、獎勵、對外投資、分配給股東或投資人、抵償債務、換取其他單位和個人的非貨幣性資產等，發生所有權轉移時應視同銷售房地產,其收入按下列方法和順序確認：按本企業在同一地區、同一年度銷售的同類房地產的平均價格確定；由主管稅務機關參照當地當年、同類房地產的市場價格或評估價值確定。二是房地產開發企業將開發的部分房地產轉為企業自用或用于出租等商業用途時，如果產權未發生轉移，不征收土地增值稅，在稅款清算時不列收入，不扣除相應的成本和費用。
土地增值稅扣除項目審核的內容包括：取得土地使用權所支付的金額；房地產開發成本，包括：土地征用及拆遷補償費、前期工程費、建筑安裝工程費、基礎設施費、公共配套設施費、開發間接費用；房地產開發費用；與轉讓房地產有關的稅金；國家規定的其他扣除項目。
審核取得土地使用權支付金額和土地征用及拆遷補償費時應當重點關注：同一宗土地有多個開發項目，是否予以分攤，分攤辦法是否合理、合規，具體金額的計算是否正確。是否存在將房地產開發費用記入取得土地使用權支付金額以及土地征用及拆遷補償費的情形。拆遷補償費是否實際發生，尤其是支付給個人的拆遷補償款、拆遷（回遷）合同和簽收花名冊或簽收憑證是否一一對應。
審核前期工程費、基礎設施費時應當重點關注：前期工程費、基礎設施費是否真實發生，是否存在虛列情形。是否將房地產開發費用記入前期工程費、基礎設施費。多個（或分期）項目共同發生的前期工程費、基礎設施費，是否按項目合理分攤。
審核公共配套設施費時應當重點關注：公共配套設施的界定是否準確，公共配套設施費是否真實發生，有無預提的公共配套設施費情況；是否將房地產開發費用記入公共配套設施費；多個（或分期）項目共同發生的公共配套設施費，是否按項目合理分攤。
審核建筑安裝工程費時應當重點關注：發生的費用是否與決算報告、審計報告、工程結算報告、工程施工合同記載的內容相符。房地產開發企業自購建筑材料時，自購建材費用是否重復計算扣除項目。參照當地當期同類開發項目單位平均建安成本或當地建設部門公布的單位定額成本，驗證建筑安裝工程費支出是否存在異常。房地產開發企業采用自營方式自行施工建設的，還應當關注有無虛列、多列施工人工費、材料費、機械使用費等情況。建筑安裝發票是否在項目所在地稅務機關開具。
審核開發間接費用時應當重點關注：是否存在將企業行政管理部門（總部）為組織和管理生產經營活動而發生的管理費用記入開發間接費用的情形。開發間接費用是否真實發生，有無預提開發間接費用的情況，取得的憑證是否合法有效。
審核利息支出時應當重點關注：是否將利息支出從房地產開發成本中調整至開發費用；分期開發項目或者同時開發多個項目的，其取得的一般性貸款的利息支出，是否按照項目合理分攤；利用閑置專項借款對外投資取得收益，其收益是否沖減利息支出。
在審核收入和扣除項目時，應重點關注關聯企業交易是否按照公允價值和營業常規進行業務往來。應當關注企業大額應付款余額，審核交易行為是否真實。對納稅人委托中介機構審核鑒證的清算項目，主管稅務機關未采信或部分未采信鑒證報告的，應當告知其理由。
在土地增值稅清算過程中，發現納稅人符合核定征收條件的，應按核定征收方式對房地產項目進行清算。符合核定征收條件的，由主管稅務機關發出核定征收的稅務事項告知書后，稅務人員對房地產項目開展土地增值稅核定征收核查，經主管稅務機關審核合議，通知納稅人申報繳納應補繳稅款或辦理退稅。
