1、授權與批準。建立銀行存款的內部控制制度，首先就要確立授權與批準的制度，即銀行存款收付業務的發生，需要經單位主管人員或財務主管人員審批，并授權具體的人員經辦，審批一般以簽字蓋章方式表示。該過程保證了銀行存款的收支業務要在授權下進行。
2、職責區分、內部牽制。該程序體現錢賬分管，內部控制原則，具體包括：
(1)銀行存款收付業務授權與經辦相分離。
(2)銀行存款收付業務經辦與審查相分離。
(3)銀行存款收付業務經辦與記賬相分離。
(4)銀行存款票據保管與銀行存款記賬人員相分離。
(5)銀行存款票據保管與印章保管相分離。
(6)銀行存款日記賬和總賬的登記相分離。
(7)銀行存款登賬與審核相分離。
(8)銀行存款收付款憑證保管與銀行存款日記賬登賬相分離。
3、記錄與審核。出納人員復核了銀行存款收付業務的原始憑證后，應及時填制或取得結算憑證，辦理銀行的結算業務，并對結算憑證和原始憑證加蓋“收訖”或“付訖”戳記，表示該憑證的款項已實際收入或付出。會計人員根據會計主管審核無誤的銀行存款收付原始憑證編制銀行存款收款憑證、付款憑證。原始憑證、收款憑證、付款憑證須經會計主管或授權稽核人員就其內容合法性、合理性、真實性逐一審核后，并簽字蓋章才可據以登記入賬。
4、文件管理。為了保證已發生經濟業務安全完整，對收、付款憑證可以采取混合連續編號，也可以采取分類連續編號；同時對票據由專人負責保管；票據和結算業務發生時，須經財會部門主管人員或企業主管人員并要求經辦人簽字。
5、核對。出納人員定期編制“銀行存款余額調節表”，交由會計主管人員檢查，同時定期進行賬賬核對，以保證銀行存款安全。
