前21世紀，禹劃天下為九州，兗州為其一。今兗州區古稱瑕丘、嵫陽，在歷史變遷中相繼為郡、州、府所在地，是一方政治、經濟、文化、軍事中心。素有“端信、尚賢、兼容、樂善”的優良人文傳統。
三國時，兗州區域屬魏國。曹操領冀州牧后，為擴大勢力范圍，縮小其他州區并入冀州，兗州轄區未動，仍轄八個郡國。據《三國疆域志》載，兗州初治昌邑（今山東金鄉縣），后移治廩丘（今山東鄄城縣東北）。
南朝劉宋初年，武帝劉裕平河南，又設兗州于滑臺（今河南滑縣），時稱西兗州。
宋朝大中祥符元年（1008年），兗州升為大都督府，政和八年（1118年）改為襲慶府，治瑕縣，隸屬山東東路，瑕縣（今兗州市）隸屬之。金朝初置泰寧軍，治嵫陽。
元朝設兗州，治嵫陽；至元十六年（1279年）隸濟寧路，轄嵫陽、曲阜、泗水、寧陽四縣。明代，“嵫陽”改稱“滋陽”。清朝因之。
民國初廢府存縣。1958年并入曲阜，新曲阜縣城設于兗州城；1961年重設，改稱兗州縣，隸屬濟寧；1992年3月1日設立縣級兗州市；2013年10月18日，撤市設兗州區。
根據第七次全國人口普查數據，截至2020年11月1日零時，兗州區常住人口為540662人。
兗州區氣候溫和，四季分明，季風影響顯著，冬冷，夏悶熱。最冷（1月）平均氣溫?1.3℃，最熱（7月）平均氣溫26.8℃，年平均氣溫13.6℃。
兗州區下轄6個街道辦事處、6個鎮：
鼓樓街道、?龍橋街道、?酒仙橋街道、?興隆莊街道、?大安鎮、?新驛鎮、?顏店鎮、?新兗鎮、?漕河鎮、?小孟鎮、?王因街道和黃屯街道。
日蘭高速、濟微高速（濟寧新機場高速）在此交匯。
兗州位于京滬鐵路、新兗鐵路、兗石鐵路的交匯處，兗州火車站是魯西南重要的鐵路樞紐。
日蘭高速鐵路在兗州設濟寧東站（原名兗州南站）。
濟寧大安機場：位于中國山東省濟寧市兗州區的一座4C級民用機場，于2023年12月28日通航。
地下有豐富的煤炭資源，近期又在該區西部發現了大型赤鐵礦，地下水資源豐富且沒有大規模開發。土地肥沃，農業產業化。
在兗州區代理記賬選擇來一方財稅。688元/年
