古為邳國。戰國時為齊邳邑。秦置下邳縣。漢置下邳國、下邳郡和徐州刺史部。北周改下邳郡為邳州。故治在今睢寧縣古邳鎮。元時全國省縣入州，因邳州駐下邳縣，遂廢下邳縣入邳州，境由州轄。清初郯城大地震，故治毀，州治移今市北邳城。1912年全國廢州復縣，邳州改為邳縣。1992年邳縣撤縣建市成立邳州市。
上古奚仲建邳國，邳國被彭國擊敗后，徐國疆域由邳州東北部擴展至邳州全境。徐國鼎盛時建都于今戴莊鎮境內。徐國被周擊敗后一蹶不振，最終被吳國攻滅。后為齊國屬地，鄒忌曾被封于此。秦朝為東海郡下邳縣。漢時為下邳國，后為下邳郡，并成為徐州刺史部駐地。三國時期為徐州刺史部下邳郡。西晉時為下邳國。北魏時為徐州下邳郡。北周改下邳郡為邳州。隋朝恢復邳州為下邳郡。唐朝為泗州下邳縣。北宋時期為京東東路淮陽軍下邳縣。金朝時為山東西路邳州，金末為山東治。元朝時期屬于河南江北行省的歸德府邳州。明朝時為南直隸淮安府邳州。清朝初期為江蘇省邳州，沉舊州后為江蘇省徐州府邳州。中華民國（1912年）元年廢邳州改置邳縣。1948年屬于江蘇省第九行政署察區。1949－1953年屬于山東省。1992年7月7日，國務院、民政部批準邳縣撤縣建市設立江蘇省轄縣級邳州市，江蘇省委托徐州市代管邳州市。
今邳州境內出生的歷史名人數不勝數。明代琵琶演奏家湯應曾技藝絕倫，譽滿天下。民國劉仁航著述30多部，被譽為“北方學者”。新中國成立以后，地方文化獲得較快發展，以農民畫、民間剪紙為代表的民間藝術，以獨特的藝術手法，生動形象地反映了農民的生產生活，有一定的思想性和藝術性。
邳州位于交通要沖，到后來作為隴海鐵路與京杭大運河的交點，因此成為兵家必爭之地。在歷史上，邳州經歷了楚漢相爭、三國角逐、宋金交兵等大規模戰爭。抗日戰爭中的徐州會戰，包括1938年的臺兒莊戰役，即在此發生過。與臺兒莊接壤的邳縣燕子埠鄉的民眾積極支前，周邊多個鄉鎮都協助中國軍隊建立兵站、支援前線、救助傷員。國共內戰中淮海戰役時，國共兩軍亦曾鏖戰與此。戰爭中，新四軍蘇北支隊也以邳縣北部與山東南部微山湖一帶為根據地。出生于邳州的中國同盟會員徐國泰追隨黃興參加廣州黃花崗起義，獻身于黃花崗，為黃花崗七十二烈士之一。著名文學作品《紅巖》中的“小蘿卜頭”宋振中及其父母宋綺云、徐林俠夫婦等許多革命先烈皆為邳州人。
邳州地處北緯34度附近，位于蘇、魯、豫、皖接壤地區以及江蘇省確定的徐州連云港都市圈中部，幅員面積2,088平方公里。市區坐落在東隴海鐵路與京杭大運河的交匯處，是蘇北、魯南水陸交通樞紐。邳州位于黃淮海平原，黃河古道曾穿境而過，現如今京杭大運河貫穿境內，北望微山湖，南接駱馬湖，隔京杭大運河與山東省棗莊市臺兒莊區接壤。
邳州屬暖溫帶半濕潤季風氣候，四季分明，季風顯著，光照和雨量充足，歷年以來年平均氣溫約14℃，年平均降水量800毫米以上，年平均日照時數約為2,300小時。豐富的氣候資源有利于工農業生產。由于暫時無法獲得邳州市氣象記錄的歷史資料，這里暫時使用徐州市近五十年來的氣象信息，不過兩地相距不超過100公里，因此這里給出的氣象信息基本代表了邳州本地的氣候狀況。
邳州市現轄21個鎮、4個街道辦事處488個行政村（居）。另外，邳州經濟技術開發區（省級開發區）為邳州市設立的經濟管理區，副縣處級單位，下轄戴圩街道辦事處部分行政村（居）。
運河街道、?炮車街道、?戴圩街道、?東湖街道、?邳城鎮、?官湖鎮、?四戶鎮、?宿羊山鎮、?八義集鎮、?土山鎮、?碾莊鎮、?港上鎮、?鄒莊鎮、?占城鎮、?新河鎮、?八路鎮、?鐵富鎮、?岔河鎮、?陳樓鎮、?邢樓鎮、?戴莊鎮、?車輻山鎮、?燕子埠鎮、?趙墩鎮、?議堂鎮、?邳城農場和張樓農場。
根據第七次全國人口普查顯示邳州市常住人口為1462563人。
2014年，邳州完成地區生產總值完成684.48億元，增長11.7%。其中，第一產業增加值95.81億元，增長2.8%；第二產業增加值294.59億元，增長13.2%；第三產業增加值294.08億元，增長12.7%。人均地區生產總值達到47,761元，比上年增加5,157元，增長12.1%。邳州一般公共預算收入55.6億元，增長13.7%，稅收占比達85%；城鄉居民收入分別達24,675元、14,088元，增長9.8%和11.5%；蟬聯中國中小城市綜合實力百強、最具投資潛力百強，2014年，邳州在全國百強縣位居第46位 ，競爭力等級為A+級。
2014年，邳州三次產業結構為14.0：43.0：43.0，第三產業占比比上年提高0.5個百分點。全年規模以上工業實現高新技術產業產值704.99億元，比上年增加86.73億元，增長14.0%，占規模以上工業產值比重為33.6%，比上年提高1個百分點；新興產業產值實現699.83億元，比上年增加86.44億元，增長14.1%。2014年，邳州服務業增加值增長12.3%；實現社會消費品零售總額147.9億元，增長13.5%。開工現代服務業重大項目22個，大學生創業園、環球新天地商業街等7個項目建成使用，新城區“中心商圈”逐步形成。歡樂買商貿入選商務部“萬村千鄉”市場工程企業。
文學作品中，有一種說法說《白毛女》的故事原型也發生在邳縣。其作者賀敬之就是燕子埠鄉賀集村人。燕子埠鄉治所在有一前山，山上面仍然有古廟和洞穴，以及罕見的石洞中的水井。當地人稱該廟為奶奶廟，白毛女的傳說即發生與此，賀敬之即根據傳說寫就白毛女，文學作品中的白毛女最終得救，比歷史和現實中的白毛女與奶奶廟都幸運多了。傳說中奶奶廟古已有之，周圍仍有許多清代文人墨客所留的石碑。然而，因為該廟所在的山石料非常適合作水泥，當地人和來自浙江的商人正在肆意開采山石，奶奶廟已然岌岌可危。
柳琴戲為當地著名民間曲藝，類似京西大鼓，中華人民共和國成立前及初期頗為流行。
邳州市景點包括京杭大運河、艾山九龍風景區、土山古鎮景區關帝廟、邳州國家銀杏博覽園、沙溝湖生態示范園、淮海戰役碾莊圩戰斗紀念館、大墩子遺址等。
邳州市擁有世界上最長的水杉景觀大道。這個大道大概有60公里長，主要部分是連接邳州市和蒼山縣的邳蒼公路（40公里）。道路兩旁種滿了水杉樹，大約有100萬株。
邳州現有各類學校288所，其中小學233所，初中35所，高中11所，省四星級中等專業學校2所，特殊教育學校3所，民辦學校4所，在校學生242021人。公辦幼兒園49所。現有教職工14096人。
當地人特別注重教育，往往以質樸勤奮，取得非常優秀的成績。運河中學是江蘇省重點中學之一。目前邳州市共有江蘇省省級重點中學四所，分別是：邳州市運河中學（1994年通過）、邳州市宿羊山中學（1998年通過）、邳州市官湖中學（1999年通過）、邳州市八義集中學（2000年通過）。
2007年10月，全市各個工作崗位人員迎接剛剛參加中共十七大“凱旋”的代表、邳州市委書記李連玉，場面宏大、極其夸張，遭到公眾非議。2017年8月，李連玉因為濫用職權、受賄案，被判處有期徒刑八年，并處罰金人民幣三十萬元。
在邳州市代理記賬選擇來一方財稅。688元/年
